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PCR反應被抑制或效率較低調整過程:
一旦確定反應被抑制或效率較低，則可采取一些步驟將效率值重新調整到理想范圍內。
1、對于抑制作用，可去除模板濃度最高的反應孔并重新分析標準曲線。如果效率重新回到110% 以下，則分析良好。
2、另一種解決方案是重新純化模板。切記應延長干燥時間，以去除乙醇沉淀過程中的乙醇，或采用另外的柱上洗滌液將離液鹽從硅膠純化物中去除。
3、通過分析優化可解決效率低下的問題。此過程有時相對簡單，但在某些情況下，隨著分析復雜度的提高，優化過程可能十分耗時費力。
4、擴增單個產物時，將鎂的濃度提升至6mM 可提高反應效率，但當出現競爭作用時，則應降低鎂的濃度。
5、在某些情況下(主要是多重反應中)，必須采用引物和探針優化基質。此時，需檢測正向引物與反向引物的比值或濃度，有時甚至還需檢測探針比值，以找出分析的理想濃度組合。最佳引物濃度介于100至600nM之間，而最佳探針濃度則在100nM至400nM 之間。
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