經初期調試并正常運行一段時期后，在運行期間出現的故障，其常見原因有：流量傳感器內壁附著層；雷電擊；環境條件變化。
一、內壁附著層
由于電磁流量計測量含有懸浮固相或污臟體的機會遠比其他流量儀表多，出現內壁附著層產生的故障概率也就相對較高。若附著層電導率與液體電導率相近，儀表還能正常輸出信號，只是改變流通面積，形成測量誤差的隱性故障；若是高電導率附著層，電極間電動勢將被短路；若是絕緣性附著層，電極表面被絕緣而斷開測量電路。后兩種現象均會使儀表無法工作。
二、雷電擊
雷電擊在線路中感應瞬時高電壓和浪涌電流，進入儀表就會損壞儀表。雷電擊損壞儀表有三條引入途徑：電源線、傳感器與轉換器間的流量信號線和勵磁線。然而從雷電故障中損壞零部件的分析，引起故障的感應高電壓和浪涌電流大部分是從控制室電源線引入的，其他兩條途徑較少。還從發生雷擊事故現場了解到，不僅電磁流量計出現故障，控制室中其他儀表也常常同時出現雷擊事故。因此，使用單位要認識設置控制儀表電源線防雷設施的重要性。現在已有若干設計單位認識和探索解決這一問題，如齊魯石化設計院。
三、環境條件變化
主要原因與調試期故障環境方面相似，只是干擾源不在調試期而在運行期間再介入。例如一臺接地保護并不理想的電磁流量計，調試期因無干擾源，儀表運行正常，然則在運行期出現新干擾源（例如測量點附近管道或較遠處實施管道電焊）干擾儀表正常運行，出現輸出信號大幅度波動。
