DAP-seq新技術助力轉錄因子研究

DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術出現(xiàn)：

2016年5月，來自美國Salk研究所的科學家們在Cell期刊發(fā)表題為“Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape”的文章（IF=28.71）。該研究開發(fā)了一項新技術：DAP-Seq（DNA親和純化測序），用于快速繪制轉錄因子調(diào)控靶向DNA區(qū)域的圖譜：順反組（cistrome）的蛋白質(zhì)結合區(qū)域的景觀圖。構建完整的順反組和表觀組圖譜（epicistrome maps）是闡明生長發(fā)育、行為和疾病復雜轉錄調(diào)控網(wǎng)絡的重要方法。DAP-seq大大擴展了科學家們收集的關于轉錄因子及它們結合位點的信息。

DAP-Seq將蛋白質(zhì)體外表達技術與高通量測序技術相結合，不需要針對每個轉錄因子制備特異性抗體，所以DAP-Seq具有快速、高通量、節(jié)約時間成本等顯著優(yōu)勢，比Chip-seq更易于擴展；DAP-Seq方法可用于所有的植物，這為科學家提供了一扇窗口，了解調(diào)控序列中的遺傳或表觀遺傳變異影響它們性狀的機制。

本研究為了檢驗DAP-Seq技術，科學家們快速繪制出了529種轉錄因子結合擬南芥基因組的位點。鑒別出了270萬個結合位點。隨后采用包含或不包含胞嘧啶甲基化的DNA重復了這些實驗。該文測試的大約四分之三的轉錄因子結合模式發(fā)生了改變。這使得科學家們能夠揭示出如果不除去甲基化，或許會漏掉的結合位點。采用這些方法，可以看到只在一部分細胞或組織中活化的結合位點。該研究不僅闡明了調(diào)控蛋白改變基因表達的機制，還揭示了表觀遺傳甲基化標記在這種調(diào)控中所起的作用。

Figure 1. Genome-wide TFBS （轉錄因子結合位點）Discovery by DAP-Seq

DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術完善

2017年 8月，同樣是 Salk研究所的科學家們，在Nature Protocols期刊發(fā)表題為“Mapping genome-wide TFBS using DAP-seq”的文章（IF=12.423）。詳細敘述了運用DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術對全基因組轉錄因子結合位點的檢測實驗和整體流程。一個有分子生物學經(jīng)驗的研究人員遵循這個方案，每周可處理多達400個樣本。

研究材料：5 μg genomic DNA，本文作者已采用DAP-seq技術，成功對擬南芥、玉米15號和人類（未發(fā)表）轉錄因子進行了檢測。

研究方法：DAP-seq

Figure 2. DAP-seq protocol overview

Figure 3. 擬南芥轉錄因子  TGA5 (AT5G06960) DAP-seq DNA 文庫檢測實驗

DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術在中國的運用

2019年8月21日，來自廣州大學生命科學學院董志誠、寧麗華和江蘇省農(nóng)業(yè)生物學重點實驗室趙涵等，在Chinese Science Bulletin雜志發(fā)表題為“Mapping genome-wide of endosperm specific expression transcription factor O2 using DAP-Seq”的文章。利用DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術，通過DNA建庫（NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit（Bioo Scientific）），鑒定玉米胚乳特異表達轉錄因子O2在全基因組水平上的結合位點。該研究共檢測到317個O2直接結合并調(diào)控的靶標基因，包括97個已報道的ChIP-Seq檢測到的靶基因，以及220個DAP-Seq特異檢測到的靶基因。

研究材料：授粉后15 d的B73玉米胚乳。

研究方法：DAP-seq ：NEXTflex Rapid DNA-Seq Kit（Bioo Scientific）進行DNA文庫構建；蛋白表達；DNA與蛋白結合以及Western-blotting檢測；測序并進行數(shù)據(jù)分析。

經(jīng)基序(motif)富集分析顯示，DAP-Seq檢測O2結合317靶標基因與220個特異結合靶標基因所富集的基序均與已報道O2結合motif相同。另外，GO富集分析顯示，與ChIP-Seq一致的O2靶基因主要參與zein蛋白合成及氨基酸代謝途徑，而特異檢測的O2靶標基因，除參與上述途徑外，還主要參與糖代謝途徑以及多個脅迫響應相關途徑。本研究利用DAP-Seq技術進一步揭示了O2在胚乳發(fā)育過程發(fā)揮調(diào)控作用，該結果是對前人研究結果的驗證和補充。