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分子雜交探針種類及選擇

時間:2012/3/15閱讀:1720
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 探針的概念
  放射性同位素、*或熒光染料進行標記的已知序列的核酸片段,即為探針(probe)。探針可用于分子雜交,雜交后通過放射自顯影、熒光檢測或顯色技術(shù),使雜交區(qū)帶顯現(xiàn)出來。

  探針的種類極其選擇

  基因探針根據(jù)標記物不同可粗分為放射性探針和非放射性探針兩大類;根據(jù)探針的來源及核酸性質(zhì)不同又可分為DNA探針,RNA探針,cDNA探針,及寡核苷酸探針等幾類。

  1、DNA探針
  DNA探針是Z常用的核酸探針,指長度在幾百堿基對以上的雙鏈DNA或單鏈DNA探針。現(xiàn)已獲得DNA探針數(shù)量很多,有細菌、病毒、原蟲、真菌、動物和人類細胞DNA探針。這類探針多為某一基因的全部或部分序列,或某一非編碼序列。

  DNA探針的獲得有賴于分子克隆技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用。以細菌為例,目前分子雜交技術(shù)用于細菌的分類和菌種鑒定比之G + C百分比值要準確的多,是細菌分類學(xué)的一個發(fā)展方向。加之分子雜交技術(shù)的高敏感性,分子雜交在臨床微生物診斷上具有廣闊的前景。

  DNA探針(包括cDNA探針)的優(yōu)點:
  ①這類探針多克隆在質(zhì)粒載體中,可以無限繁殖,取之不盡,制備方法簡便。
  ②不易降解(相對RNA而言),一般能有效抑制DNA酶活性。
  ③DNA探針的標記方法較成熟,有多種方法可供選擇,如缺口平移,隨機引物法等,能用于同位素和非同位素標記。

  2、cDNA 探針
  cDNA (complementary DNA)探針是指互補于mRNA的DNA分子,是由逆轉(zhuǎn)錄酶催化而產(chǎn)生的。該酶以RNA為模板,根據(jù)堿基配對原則,按照RNA的核苷酸順序合成DNA(其中U與A配對)。 cDNA 探針是目前應(yīng)用Z為廣泛的一種探針。

  3、RNA探針:
  RNA探針是一類很有前途的核酸探針,由于RNA是單鏈分子,所以它與靶序列的雜交反應(yīng)效率*。早期采用的RNA探針是細胞mRNA探針和病毒RNA探針,這些RNA是在細胞基因轉(zhuǎn)錄或病毒復(fù)制過程中得到標記的,標記效率往往不高,且受到多種因素的制約。這類RNA探針主要用于研究目的,而不是用于檢測。

  克隆探針:
  前述三種探針均是可克隆的,一般情況下,只要有克隆的探針,就不用寡核苷酸探針。在DNA序列未知而必須首*行克隆以便繪制酶譜和測序時,也常應(yīng)用克隆。
克隆探針的優(yōu)點:[1]特異性強,從統(tǒng)計學(xué)角度而言, 較長的序列復(fù)雜度高,隨機碰撞互補序列的機會較短序列少;[2]可獲得較強的雜交信號,因為克隆探針較寡核苷酸探針摻入的可檢測標記基團更多。

  4、寡核酸探針:
  根據(jù)已知的核酸序列,采用DNA合成儀合成一定長度的寡核苷酸片段,亦可作為探針使用。若不知核酸序列,可根據(jù)蛋白質(zhì)的氨基酸順序推倒出核酸順序,但要考慮到密碼子的兼并性。多用于克隆篩選和點突變分析。

  人工合成的寡核酸探針有下述優(yōu)點:
  ①短的探針比長探針雜交速度快,特異性。
  ②可以在短時間內(nèi)大量制備。
  ③在合成中進行標記制成探針。
  ④可合成單鏈探針,避免了用雙鏈DNA探針在雜交中自我復(fù)性,提高雜交效率。
  ⑤寡核苷酸探針可以檢測小DNA段,在嚴格的雜交條件下,可用于檢測在序列中單堿基對的錯配。

  篩選寡核苷酸針的原則 :
  ①長18~50bp,較長探針雜交時間較長合成量低;較短探針特異性會差些。
  ②堿基成分:G+C含量為40%~60%,超出此范圍則會增加非特異雜交。
  ③探針分子內(nèi)不應(yīng)存在互補區(qū),否則會出現(xiàn)抑制探針雜交的“發(fā)夾”狀結(jié)構(gòu)。
  ④避免單一堿基的重復(fù)出現(xiàn)(不能多于4個),如-CCCCC-。
  ⑤一旦選定某一序更符合上述標準,將序列與核酸庫中核酸序列比較,探針序列應(yīng)與含靶序列的核酸雜交,而與非靶區(qū)域的同源性不能超過70%或有連續(xù)8個或更多的堿基的同源,否則,該探針不能用。

主營產(chǎn)品:顯微鏡分子雜交儀(爐)、紫外交聯(lián)儀超聲波細胞破碎儀水浴氮吹儀氮吹儀

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