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研究腫瘤生長

時(shí)間:2014-2-26閱讀:333
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   目前的癌癥研究中,基因組測序、外顯子組測序、基因表達(dá)譜分析、RNA測序、甲基化組分析等方法被廣泛使用,以找到致病突變及其他線索。

   然而,與大多數(shù)組成型基因組不同,癌癥是異質(zhì)性、生物多樣性的,且具有復(fù)雜的遺傳變異。而且許多樣本是以FFPE形式保存的,包含片段化、交聯(lián)的DNA。其次,癌癥基因組的分析相當(dāng)復(fù)雜。研究人員已在癌癥中發(fā)現(xiàn)了大量復(fù)雜的遺傳變異,這意味著不能總是依賴標(biāo)準(zhǔn)的人類參考序列,基因可能以多個(gè)拷貝存在,染色體規(guī)模(結(jié)構(gòu))變化很頻繁,而表觀基因組的變化也很常見。作者認(rèn)為,NGS在檢測低頻突變和鑒定結(jié)構(gòu)及拷貝數(shù)變異上還有待改進(jìn)。
   同時(shí),癌癥異質(zhì)性也是需要考慮的因素。癌癥往往不是包括單個(gè)優(yōu)勢克隆,而可能含有多個(gè)亞克隆。目前還不清楚亞克隆對于腫瘤生長是否重要,但它們可能包含了臨床上重要的變化,如賦予耐藥性的突變。作者認(rèn)為,單個(gè)活檢樣本也許并不能代表癌癥的遺傳組成。這可能會導(dǎo)致不適當(dāng)療法的選擇。目前,大部分處理NGS數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)工具都是為正常基因組而設(shè)計(jì)的,其應(yīng)用程序背后的假設(shè)對腫瘤樣本無效,因此往往會產(chǎn)生不準(zhǔn)確的組裝結(jié)果。而癌癥基因組的分析需要醫(yī)生和生物信息學(xué)家之間密切合作,以優(yōu)化數(shù)據(jù)處理,確保所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)是臨床上可用的。

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