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解開基因組DNA分子的簡單方法

時間:2015-3-3閱讀:181
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    線性DNA分子的沉積,是許多單分子基因組學方法的重要步驟,包括DNA圖譜、纖維-FISH和幾種新興的測序技術。在理想的情況下,這些實驗中存放的DNA是*線性和均勻拉伸的,從而使我們能夠準確地測量距離。然而,在很少的情況下,當前用于在一個表面捕獲和線性化DNA的方法,往往需要復雜的表面制備和大量起始原料,以完成基因組規模的作圖。這對技術要求很苛刻,阻礙了它們在新興基因組學領域的應用,例如單細胞分析。

    研究人員一直都試圖尋求一種有效的方法,來解開DNA以研究其結構——在顯微鏡下巧妙地解開和理順。有兩種方法來解碼DNADNA測序和DNA圖譜。在DNA測序過程中,我們研究DNA短鏈來確定一個DNA分子內核苷酸的確切順序——堿基ACGT。該方法可讓我們進行非常詳細的遺傳分析,但很花費時間和資源對于不需要詳細分析的應用來說,例如確定一段給定的DNA*段是否屬于一種病毒或細菌,科學家會選擇DNA圖譜。該方法使用盡可能長的DNA*段來測定DNA的“大畫面"結構。

    在這項研究中,研究人員描述了他們以前開發的一種作圖技術的改進版本,稱為fluorocoding,研究人員解釋說:“使用fluorocoding時,我們用彩色染料標記DNA,使其在熒光顯微鏡下是可見的。然后將其插入放在玻璃板上的一滴水和少量酸中。注入DNA的水液滴蒸發,留下伸展的DNA模式。"繼續說:“但這種沉積技術是復雜的,并不總是產生對DNA圖譜很理想的長的、拉直的DNA。"他們組織了一個化學家和工程師的多學科小組,專門研究液體如何表現,以探討如何優這種化技術。

    研究人員解釋說:“我們這種改進的技術結合了兩種因素:一滴水的自然內流動態和一種稱為Zeonex的聚合物,可與DNA結合的特別好。"

    為了測試該技術的有效性,研究人員將其應用于確切長度已知的病毒DNA。使用滾動液滴技術捕獲的DNA,長度與已知的病毒DNA長度相匹配。滾動液滴技術可以很容易地應用于臨床設置,快速識別DNA的特點,研究人員說:"我們的技術只需要很少的起始材料,可以快速地進行。例如,它可以非常有效地確定,患者是否感染了一種特定類型的病毒。在這項研究中,我們集中在病毒的DNA,但該技術也可以很容易地用于人類和細菌DNA。"

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