如今，基因組測序的新聞已變得司空見慣，不像幾年前，基因組草圖甚至能登上雜志的封面。隨著測序儀的價格不斷下探，你也考慮購入一臺。挑來選去，不知哪一臺更好。在這一期的《BioTechniques》上，Jeffrey Perkel告訴你，一臺也許并不夠。

新一代測序儀在上市之初，價格高昂，“土豪”實驗室購買。如今，選擇多了，價格也便宜了。比如Illumina新近推出的MiniSeq測序儀，售價僅為49,500美元（美國售價），每次運行有望產(chǎn)生7.5 Gb，足以應對靶向測序的應用。在愛丁堡大學，本科生甚至可以選修一門課程，用Illumina的NGS技術(shù)來破譯細菌基因組。

然而，在*臺NGS儀器上市十年后，序列組裝仍然是個挑戰(zhàn)。即使是5.2 Mb的脆弱擬桿菌（Bacteroides fragilis）基因組，也給愛丁堡大學的本科生帶來不少麻煩，這歸因于重復和移動的調(diào)控元件。不過，研究人員正在學習通過不同的測序技術(shù)，來理清這些區(qū)域。

Evan Eichler是華盛頓大學醫(yī)學院的一名教授，他研究的是傳統(tǒng)基因組測序項目往往忽視的基因組區(qū)域，比如不穩(wěn)定的區(qū)域。這些區(qū)域的兩端伴隨著長片段重復，在減數(shù)分裂的過程中可能沒對準，導致插入/缺失，或重復。Eichler表示，目前有證據(jù)表明這些區(qū)域是基因進化的搖籃，它們甚至在某種程度上解釋了人何以為人。同時，這些復雜的區(qū)域也與疾病相關。

當今，研究人員在測序人類基因組時，大多采用短讀長的Illumina測序技術(shù)。這種策略將基因組剪切成數(shù)百萬個小片段，平行讀取，然后在數(shù)據(jù)分析環(huán)節(jié)將每個片段與基因組的*序列比對，并鑒定出相對于人類參考基因組的變化。這些算法目前還不能實現(xiàn)基因組的從頭（de novo）組裝，因此，無法捕獲大規(guī)模的結(jié)構(gòu)變異。

不過，其他方法可以做到。Pacific Biosciences和Oxford Nanopore的儀器在原理、速度和價格上有所不同，但它們都帶來了比Illumina、Ion Torrent長得多的讀取片段。PacBio的平均讀長達10 kb，有些甚至超過60 kb；Oxford Nanopore的MinION讀長要短一些，但也在kb級別。

就每個堿基而言，這些技術(shù)比Illumina要貴，“原始”錯誤率更高，并產(chǎn)生了更少的序列。因此，使用這些技術(shù)的研究人員需要開展更多的測序運行。不過，如果他們將長讀取和短讀取技術(shù)相結(jié)合，就能解決那些之前無法搞定的區(qū)域。

再回到Eichler研究的第17號染色體。17q21.31含有一段900 kb的倒位和許多重復基因，它們往往會在測序過程中丟失或錯誤組裝。不過，Eichler的團隊如今結(jié)合使用Illumina和PacBio的技術(shù)，不僅大大提高了測序質(zhì)量，也明顯降低了測序成本。Eichler認為，這種策略有助于增加我們對人類遺傳變異的認識。

zui近幾個月，PacBio和Illumina都推出了新的測序儀。PacBio的Sequel在去年9月推出，比RS II更小巧、更便宜，但通量大大提高。Illumina的MiniSeq也在1月份上市，有望真正降低新一代測序的門檻。如今的你們，有了更多的選擇。

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