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藍景科信DAP-seq(DNA親和純化測序)實驗流程

來源:藍景科信河北生物科技有限公司   2021年04月01日 17:37  
一、蛋白表達載體構建
1.1. 蛋白表達載體構建試劑
高保真PCR預混液,瓊脂糖凝膠回收試劑盒,同源重組克隆試劑盒,DH5α感受態細胞,高純度質粒小提試劑盒。
1.2. 蛋白表達載體構建方法
1.2.1. 根據基因CDS序列,設計上游和下游引物并進行引物合成。
1.2.2. 使用高純度質粒小提試劑盒提取含有CDS序列的質粒模板,或者使用客戶提供的質粒模板,對目的CDS進行PCR擴增。

 

1.2.3. PCR反應程序

 
1.2.4. PCR產物回收
PCR結束后,進行瓊脂糖凝膠電泳。使用瓊脂糖凝膠回收試劑盒,對目的條帶進行膠回收。PCR產物回收后,測定回收產物的濃度,并進行瓊脂糖凝膠電泳檢測。
1.2.5. PCR產物與蛋白表達載體的連接轉化與鑒定
使用同源重組方法,將目的片段與蛋白表達載體進行連接。將連接產物轉化到DH5α感受態細胞中,涂布于含有抗生素的LB培養基上,倒置培養。挑取單菌落進行菌落PCR鑒定,對擴增出目的條帶的菌落進行質粒提取與測序。將測序結果與CDS進行序列比對。
1.2.6. 蛋白表達載體的質粒提取
對構建正確的蛋白表達載體,進行質粒的提取,為后續蛋白表達做準備。 
 
二、基因組DNA的提取
2.1. 基因組DNA提取試劑
根據不同物種、組織和器官,使用相應的提取試劑或者試劑盒。例如:CTAB提取試劑盒、植物通用型提取試劑盒、磁珠法提取試劑盒、含多糖多酚樣本的基因組DNA提取試劑盒。
2.2. 基因組DNA提取方法
2.2.1. 稱取適量樣本材料,液氮速凍,研磨成粉末,使用相應的試劑盒進行基因組DNA提取。
2.2.2. 對提取的基因組DNA的質量進行檢測,包括基因組DNA濃度,純度,電泳。
 
三、親和純化文庫構建
3.1. 親和純化文庫構建試劑
3.1.1. DNA建庫試劑盒(BIOO SCIENTIFIC,NOVA-5188-01-NEXTflex-Rapid-DNA-Seq-kit-2.0)。
3.1.2. DNA Clean Beads (MICH Scientific,貨號NGS-0201-100)
3.2. 親和純化文庫構建方法
3.2.1. 取適量基因組DNA進行片段化。
3.2.2. 對片段化后的基因組DNA進行篩選。
3.2.3. 取適量片段篩選后的基因組DNA進行親和純化文庫的構建,具體方法詳見NOVA-5188-01-NEXTflex-Rapid-DNA-Seq-kit-2.0建庫試劑盒說明書(BIOO SCIENTIFIC)。
3.2.4. 文庫構建結束后進行質檢。
 
 
四、體外無細胞蛋白表達與檢測
4.1. 體外無細胞蛋白表達的主要試劑

4.1.1. 無細胞蛋白表達試劑盒
4.1.2. 用于進行Western Blot檢測的一抗和二抗。
4.2. 體外無細胞蛋白表達反應方法
根據無細胞蛋白表達試劑盒的使用說明,建立以下反應體系,然后25 °C孵育2 h。
 
 
4.3. 體外蛋白表達檢測
4.3.1. 體外蛋白表達結束后,取適量反應液,進行SDS PAGE和Western Blot,檢測有無目標蛋白的特異性條帶。
 
五、蛋白質與文庫的親和純化
5.1. 親和純化所需要的主要試劑和設備
5.1.1. 親和純化磁珠
5.1.2. 平衡緩沖液
5.1.3. 24孔磁力架(Mich Scientific,貨號Magpow-24)
5.2. 親和純化方法
5.2.1. 將平衡好的磁珠與平衡緩沖液混勻。
5.2.2. 將蛋白表達預混液與磁珠充分混勻后進行孵育。
5.2.3. 向上述混合液中加入適量文庫后充分混勻后進行孵育。
5.2.4. 洗滌非特異性結合DNA,洗脫特異性結合的DNA。
 
六、洗脫文庫擴增質檢與測序

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