熒光定量PCR是利用熒光信號的變化實時檢測PCR擴增中每一個循環擴增產物量的變化，并進行定量分析。我們通常使用染料法實現qPCR的實時監控，那么染料法如何實現qPCR的實時監控呢？
染料法就是在PCR反應體系中加入熒光基團，我們常用的染料就是SYBR Green Ⅰ這種染料。這種染料有以下特性：該染料可以非特異地結合在雙鏈DNA小溝上，而不與單鏈結合。這里的非特異性是指，只要是雙鏈DNA，它都能結合上去，不管該雙鏈DNA是否是你期望擴增的目標基因還是非目標基因。這種染料在游離狀態下幾乎不會產生熒光，因此儀器也就沒有反應，一旦染料結合了雙鏈DNA就會產生較強的熒光信號，儀器也就有所反應。
那么，具體在擴增過程中。首先，在擴增的起始階段，經過熱變形雙鏈DNA發生解鏈變成單鏈，染料結合不上去，因此就沒有熒光信號。隨著反應的進行，有雙鏈形成之后，染料就會結合在雙鏈形成的小溝上。每形成一個DNA雙鏈，就有一定數量的染料結合上去；染料一結合，就產生熒光信號；信號強度與DNA分子總數目成正比。那么在PCR的每一個循環中這種熒光信號的積累過程就能被儀器所實時監控。
當然，由于SYBR Green Ⅰ是非特異性結合在雙鏈上，所以一旦在PCR擴增過程中有非特異性產物的生成，它也會產生被儀器所檢測到的熒光信號，這種非特異性的信號與特異性的信號由于無法區分就會導致實驗結果的不準確性。
通常，為了保證我們實驗結果的準確性。我們在做染料法時，通常都會做熔解曲線，來幫我們判斷實驗結果是否可靠。

SYBR Green I染料法的化學原理示意圖