電磁流量計有很多優勢，但若選型、安裝、使用不當，可能造成誤差增大，量程不穩定，甚至表層毀壞。

（1）管中液體未充滿因為背壓不足或流量傳感器安裝位置不良，導致其測量管中液體無法充滿，故障現象因不充滿水平和流動情況有不同表現。若少量氣體在水管管路中呈分潔凈臺或波浪狀流，故障現象表現為偏差提升，即流量測量值與實際值不符；若流動是氣泡流或塞狀流，故障現象除測量值與實際值不符外，還會因液相瞬間遮住電極表面而發生導出搖晃；若水準管路分層流動中流通截面積液相部分增大，即液體未滿管水平增大，還會發生導出搖晃，若液體未滿管狀況較嚴重，以致液位在電極下列，往往會發生導出超滿度狀況。

（2）液體中含有粉狀、顆粒或纖維等固態，耐腐型玻璃浮子流量計可能產生的故障有；①漿體噪音；②電極表面臟污；③導電沉積層或絕緣沉積層覆蓋電極或內襯；④內襯被損壞或被堆積物覆蓋，流通截面積縮小。

（3）有可能結晶的液體，電磁流量計應慎用有些易結晶化工物料在溫度正常的情況下能正常測量，因為運輸液體的軟管都有良好的電伴熱保溫，在保溫工作的時候不會結晶，可是電磁流量傳感器的測量管無法實施電伴熱保溫，因而，液體流過測量管時易因減溫而引起內壁結上一層固態。因為改成其他原理的流量計測量也一樣存有結晶難題，因此在無其他更好方法的前提下，可采用測量管長短十分短的一種“環狀"（oring）電磁流量傳感器，并把流量計的上游管道伴熱保溫給予加強。在管道連接方式上，考慮流量傳感器拆卸便捷，在一旦結晶時能便捷地拆下維護。

（4）電極和接地環材料選擇不當引發的難題，因高壓型玻璃浮子流量計材料與待測物質不匹配而引起故障的電磁流量計與物質接觸的零部件有電極與接地環，配對不當除抗腐蝕難題外，只要是電極表面效用。