生物毒性指標是從生物整體水平反映水體污染對生物體產生有害效應的指標，相較于單一化學物質檢測，它能更直觀地評估水質的綜合毒性。常見的生物毒性測試方法包括發光細菌法、大型溞急性毒性試驗、魚類急性毒性試驗等。

發光細菌法利用發光細菌在受到污染物刺激時發光強度下降的特性，快速檢測水體的綜合毒性，該方法具有靈敏度高、檢測速度快（30 分鐘 - 2 小時內出結果）的優勢；大型溞急性毒性試驗以大型溞為受試生物，觀察其在不同濃度水樣中的死亡率或活動抑制率，常用于評估工業廢水、農藥污染等的毒性；魚類急性毒性試驗則通過監測魚類的死亡率、行為異常等指標，評估水體對高等水生生物的危害程度。

生物毒性指標在水質監測中具有不可替代的作用。例如，在突發性水污染事件中，生物毒性測試能夠快速判斷水體是否對生態系統和人體健康構成威脅，為應急決策提供依據；在污水處理廠出水監測中，結合生物毒性指標與化學指標，可更全面地評估處理效果，避免因化學檢測未覆蓋的新型污染物造成生態風險。