多肽合成是一個重復添加氨基酸的過程，固相合成順序一般從C端（羧基端）向 N端（氨基端）合成。過去的多肽合成是在溶液中進行的稱為液相合成法。到今天固相法已成為多肽和蛋白質合成中的一個常用技術，表現出了經典液相合成法*的優點，從而大大的減輕了每步產品提純的難度。
多肽合成基本原理：先將所要合成肽鏈的羥末端氨基酸的羥基以共價鍵的結構同一個不溶性的高分子樹脂相連，然后以此結合在固相載體上的氨基酸作為氨基組份經過脫去氨基保護基并同過量的活化羧基組分反應，接長肽鏈。重復（縮合→洗滌→去保護→中和及洗滌→下一輪縮合）操作，達到所要合成的肽鏈長度，zui后將肽鏈從樹脂上裂解下來，經過純化等處理，即得所要的多肽。其中α-氨基用BOC（叔丁氧羰基）保護的稱為BOC固相合成法，α-氨基用FMOC（9-芴甲氧羰基）保護的稱為FMOC固相合成法。
多肽合成步驟：A，樹脂的選擇及氨基酸的固定
用于多肽合成的高分子的載體主要有3類：交聯聚苯乙烯；聚酰胺：聚乙烯一乙二醇脂類樹脂。氨基酸的固定主要是通過保護的氨基酸的羧基同樹脂的反應基團之間形成共價鍵來實現。
B，氨基、羧基、側鏈的保護及脫除
要成功合成具有特定的氨基酸順序的多肽，需要對暫不參與形成酰胺鍵的氨基和羧基加以保護，同時對氨基酸側鏈上的活性基團也要保護，反應完成后再將保護基團除去，近年來，FMOC合成法得到了廣泛的應用。羧基通常用形成酯基的方法進行保護。甲酯和乙酯是逐步合成中保護羧基的常用方法。
C，成肽反應
固相中的成肽反應一般是將兩個相應的氨基被保護的及羧基被保護的氨基酸放在溶液內并不形成肽鍵，要形成酰胺鍵，經常用的手段是將羧基活化，變成混合酸酐、活潑酯、酰氯或用強的縮合劑（如碳二亞氨）形成對稱酸酐等方法來形成酰胺鍵。
D，裂解及合成肽鏈的純化
BOC法用TFA+HF裂解和脫側鏈保護基，FMOC法直接用TFA，有時根據條件不同，其它堿、光解、氟離子和氫解等脫保護方法也被采用。合成肽鏈進一步的精制、分離與純化通常采用液相色譜、親和層析、毛細管電泳等。