蛋白質是生命活動的執行者，細胞內的生理變化都是通過蛋白質來實現的。但是生命活動中各項功能和行為不是由單一的蛋白質來完成的，需要蛋白質與蛋白質，蛋白質與核酸之間的相互作用來實現的。蛋白-蛋白互作網絡與轉錄調控網絡對調控細胞及其信號有重要意義。于是對于蛋白之間相互作用的研究也變的很重要，關于研究方法也是層出不窮。

一、原理：

酵母雙雜交系統由Fields和Song等首先在研究真核基因轉錄調控中建立的。酵母的半乳糖苷酶基因的轉錄激活因子GL4有兩個獨立的結構域 ：N末端的DNA結合域（BD）和C末端的轉錄激活域（AD）。BD與DNA分子結合，AD激活下游基因的轉錄，只有兩者在空間上充分接近才能激活下游基因的轉錄。于是將要研究的兩個蛋白分別與BD和AD融合，如果兩個蛋白有相互作用則AD和BD在空間上會接近進而激活下游報告基因的轉錄。

二、操作步驟：

（1）首先構建已知蛋白的cDNA序列為誘餌，與DNA結合域融合

（2）將待篩選的蛋白的cDNA序列與轉錄激活域融合，構建成文庫質粒

（3）將這兩個質粒共轉化到酵母細胞中

（4）通過檢測下游報告基因的表達篩選或確認蛋白相互作用。

三、優缺點：

優點：是可以在文庫中可以高通量篩選與目的蛋白相互作用的蛋白。

缺點：是假陽性多，還需要其他方法相互印證，不適用于所有的蛋白。