熒光定量PCR也叫Real-Time PCR，是美國PE（Perkin Elmer）公司1995年研制出來的一種新的核酸定量技術。熒光定量PCR的發展史是一部ABI、羅氏和伯樂等的蕩氣回腸的斗爭史，感興趣的可以去查查。該技術是目前成熟，使用廣泛的半定量PCR技術。

熒光染料法（SYBR Green I）：

SYBR Green I是熒光定量PCR常用的DNA結合染料，與雙鏈DNA非特異性結合。在游離狀態下，SYBR Green 發出微弱的熒光，但一旦與雙鏈DNA結合，其熒光增加1000倍。所以，一個反應發出的全部熒光信號與出現的雙鏈DNA量呈比列，且會隨擴增產物的增加而增加。由于染料是與雙鏈DNA的非特異性結合，因此可能產生假陽性的結果。

熒光探針法（Taqman 技術）：

PCR擴增時，加入一對引物的同時再加入一個特異性的熒光探針。該探針為一直線型的寡核苷酸，兩端分別標記一個熒光報告基團和一個熒光淬滅基團，探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收，檢測不到熒光信號；PCR擴增時（在延伸階段），Taq 酶的 5' —— 3' 切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光信號，即每擴增一條 DNA 鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與 PCR 產物形成全同步。臨床檢測中Taqman探針法是常用的檢測方法。