研究DNA-蛋白質(zhì)相互作用的實驗方法主要包括：a、凝膠阻滯實驗； b、DNase 1 足跡實驗；c、甲基化干擾實驗； d、體內(nèi)足跡實驗； f、拉下實驗。研究蛋白質(zhì)/ 核酸相互作用近期采用的新技術(shù)有：核酸適體技術(shù)、生物信息學(xué)方法、蛋白質(zhì)芯片技術(shù)以及納米技術(shù)等。

蛋白（綠色熒光蛋白或紅色熒光蛋白）的載體中,共轉(zhuǎn)染到功能細(xì)胞中（一般選用 COS7 細(xì)胞）表達(dá)帶有熒光的融合蛋白.            這樣,相互作用的兩種蛋白就被標(biāo)上不同的熒光,可以在細(xì)胞內(nèi)用熒光顯微鏡直接觀測.在進(jìn)行細(xì)胞定位或共定位時,必須用共聚焦熒光顯微鏡觀測.因為共聚焦熒光顯微鏡（相當(dāng)于醫(yī)院給病人診斷的 CT）觀測的是細(xì)胞內(nèi)一個切面上的顏色.如果在一個切面上在同一區(qū)域看到兩種顏色,就提示這兩種蛋白在該區(qū)域內(nèi)有相互作用.普通熒光顯微鏡看到的是一個立體圖象,    無法確定蛋白質(zhì)共定位現(xiàn)象.在進(jìn)行定位或共定位同時,也可以對細(xì)胞核進(jìn)行染色.     這樣,在細(xì)胞中就有三種顏色.細(xì)胞核的顯色幫助你確定共定位發(fā)生的位置.上面介紹的活細(xì)胞定位,其優(yōu)點是表達(dá)的熒光蛋白熒光強(qiáng),沒有背景,觀測方便.